Anal kondilomun tedavisi, merhemler ve bazı ilaçlarla ayaktan yapılabilir. Bu genelde, başlangıç halinde olup çok ilerlememiş kondilomlarda önerilir. Hastalığa neden olan virüz tam olarak uzaklaştırılamadığından medikal yöntemler sonrası nüks oranı yüksektir.